Malgré qu'on puisse très bien ne rien mettre dans l'aquarium, il est bien plus naturel de mettre une couche de sable ou de gravier sur le fond de l'aquarium. En plus, cette couche est indispensable si l'on désire planter l'aquarium et procure un très bon refuge au bactérie transformant les déchets des poissons.

Plusieurs matières sont à disposition, le gravier, le sable. Plusieurs paramètres sont à vérifier. Le premier est la neutralité du substrat. Il faut éviter les sables calcaires (à moins bien sûr de vouloir expressément augmenter la dureté de l'eau). Ensuite, il faut choisir la granulométrie du substrat, du sable trop fin par exemple, pourrait se colmater et ainsi étouffer les plantes. Au contraire, du gravier trop gros, empêcherait les plantes de bien s'enraciner.

Quand à la quantité de sable, on peut estimer qu'une couche de 7 cm de substrat est déjà un bon départ. Pour créer un meilleur effet visuel, il est bien de faire un sol en pente, la partie haute vers le fond de l'aquarium. Et finalement pour une bonne croissance des plantes, il est recommandé de placer une couche de latérite entre deux couches de substrat. Il est mieux d'éviter de placer du terreau, ou de la terre sous le sable, surtout avec des poissons fouisseurs, sous peine de voir apparaître des algues.